De Bataljonsstaf bestaat uit de commandogroep en zes afzonderlijke secties en is onderverdeeld naar de taken/disciplines die deze secties vervullen. De secties hebben allen tot taak het plannen, voorbereiden, uitvoeren en evalueren van de aan de sectie gerelateerde verantwoordelijkheden.

De Commandogroep
In deze groep is de bataljonscommandant (BC), tevens Regimentscommandant (RC), ondergebracht. In diens dagelijks functioneren wordt hij bijgestaan door de plaatsvervangend bataljonscommandant (PBC), de bataljonsadjudant (BA), tevens Regimentsadjudant (RA), en de chauffeur van de BC. De groep als geheel geeft leiding aan het bataljon en de bataljonsstaf.

Sectie S1: Personeel
De sectie is verantwoordelijk voor de operationele personeelszorg (OPZ) en de personeelszorg in het algemeen. Dit alles op het gebied van personeelszaken, zowel in de vredesbedrijfsvoering als tijdens een missie/uitzending. Daarnaast heeft de sectie S1 een adviserende taak ten aanzien van de commandanten op het gebied van personeelsmanagement. Op het gebied van vulling en arbeidsvoorwaardelijk zaken wordt er veel gecoördineerd met de P&O-adviseur van de Personeelsdienst 43 Mechbrig (PD 43). Hoofd sectie S1 is tevens de Regimentskapitein en vanuit die hoedanigheid is de sectie inhoudelijk verantwoordelijk voor de tradities van het Regiment Infanterie Prins Johan Willem Friso en alle veteranenzaken.

Sectie S2: Inlichtingen
De sectie is verantwoordelijk voor Inlichtingen en Operational Security, zowel in geval van een missie als op de kazerne. Tijdens een operationele inzet verzorgt de sectie 2 de inlichtingen over het weer, terrein en de vijand/partijen en wat hiervan de gevolgen zijn voor het eigen en het vijandelijke optreden. De sectie is tevens belast met veiligheid in het algemeen. Dit omvat zaken als beveiliging van bijv. kazerne, zaken die betrekking hebben op wapenkamers en andere opslagruimten, screening van personeel etc.. Daarnaast coördineert en begeleidt de S2 de training en inzet van het verkenningspeloton (het inlichtingen-verzamelorgaan van de bataljonscommandant).

Sectie S3: Operatieën
Als het bataljon niet op uitzending is, maar een regulier programma volgt, coördineert de sectie S3 de opleiding en training van de eenheden/compagnieën van het bataljon. Onder operationele omstandigheden draagt de sectie, uit naam van de commandant, zorg voor de aansturing van de operationele taken van alle eigen compagnieën en onderbevelgestelde eenheden. De sectie verschaft de bataljonscommandant informatie over hoe de verschillende onderdelen van het bataljon ingezet kunnen worden om een operationele opdracht uit te voeren. Eenvoudig gezegd is de sectie S3 de aanjager van het plan waarbij de acties van de gevechtscompagnieën  en de manoeuvreondersteuningscompagnie integraal op elkaar afgestemd zijn.

Sectie JFSCC: Vuursteuncoördinatie
De sectie draagt zorg voor integrale aansturing van alle vuursteunmiddelen en waarnemers van de vuursteunketen. Het VSCC levert de randvoorwaarden om de vuursteun zo optimaal en effectief mogelijk uit te kunnen voeren. In nauwe samenwerking met de gevechtscompagnieën en de Afdeling Veldartillerie van de Gemechaniseerde Brigade wordt een zo evenwichtig trainingsprogramma gemaakt ter voorbereiding op een eventuele operationele inzet. Het afstemmen van het plan voor de vuursteun gebeurt in nauwe samenwerking met de Genie en de sectie S3. Tevens is het JFSCC adviseur voor alle overige 3e dimensie aspecten als luchtsteun en bewapende helikopters voor de gehele bataljonsstaf.

Sectie S4: Logistiek
De sectie draagt zorg voor integrale aansturing van de bevoorrading- en materieellogistiek. De sectie levert de randvoorwaarden om alle type operaties uit te kunnen voeren, of dit nu om vredesbedrijfsvoering of om een eventuele operationele inzet gaat. Te denken valt hierbij aan het aanvragen en op de juiste plaats krijgen van voedsel, brandstof, munitie en overig materiaal (niet behorend tot de standaarduitrusting). Tevens stuurt de sectie S4 het proces aan om defecte uitrustingsstukken, wapens, optiek etc. te laten repareren / te vervangen indien het niet door de eenheid zelf gerepareerd kan worden. Tevens is de sectie verantwoordelijk voor  alle materieelprojecten (als de CV9035, Fennek, BMS etc).

Sectie S6: Verbindingen
De sectie draagt zorg voor communicatie (C2, Documentatie Informatie Voorziening (DIV)) en is verantwoordelijk voor alles op het gebied van commandovoeringondersteuning (met name verbindingen) en ICT. Daarnaast heeft de sectie een adviserende taak ten aanzien van de commandanten op dit gebied. Ook stuurt de sectie het C2Ost-element functioneel aan ten behoeve van de inzet van het TITAAN-systeem onder operationele omstandigheden en de CIS-middelen op de kazernelocatie.